Mortal Kombat 3
Shao Kahn ha un nuovo piano per conquistare la Terra. Impaziente di aspettare 10 Mortal Kombat (e quindi minimo 500 anni), incarica Shang Tsung di preparare il nuovo piano. Lo stregone, recuperata l'anima della regina Sindel, antica consorte dell'Imperatore deceduta secoli fa, la reincarna sulla terra. In questo modo i sigilli tra i due mondi si allentano e Shao Kahn può entrare nel mondo terrestre. Le squadre di sterminio di Outworld uccidono chiunque, e una delle prime vittime è il guerriero
Johnny Cage, protagonista dei primi due tornei. L'invasione devasta la Terra, Shang Tsung fa incetta di tutte le anime, tranne di quelle di alcuni guerrieri scelti da Raiden come ultimi difensori della Terra.
Personaggi:
Liu Kang: ancora una volta a capo dei guerrieri terrestri.
Kung Lao: il discendente del grande Kung Lao, ancora al fianco di Liu Kang
Sonja: il tenente delle US Special Force è uno dei guerrieri prescelti da Raiden
Jax: anche il maggiore Briggs torna a combattere. Perse le braccia nello scontro con le squadre di sterminio, le ha sostituite con potentissimi cyber-arti
Cyrax e
Sektor: il Lin Kuei ha deciso di trasformare i suoi guerrieri in cyborg privi di anima (e quindi obbedienti) per non perderli a causa dell'incetta di anime da parte di Shang Tsung. Cyrax (giallo) e Sektor (rosso) sono due prototipi cyber-ninja, il cui obbiettivo è uccidere il ribelle Sub Zero
Sub Zero: il ninja torna senza maschera, dopo aver abbandonato il Lin Kuei per essersi rifiutato di diventare cyborg. La sua anima è al sicuro in quanto uno dei prescelti da Raiden
Kabal: membro dei mercenari Black Dragon, è uno dei prescelti da Raiden. Orribilmente sfigurato nello scontro con le squadre di sterminio, sopravvive grazie a un respiratore artificiale. Possiede una formidabile sciabola con la quale combatte gli avversari.
Kano: lasciato ad Outworld dopo MK2, il mercenario Black Dragon torna come addestratore delle truppe di Kahn.
Nightwolf: sciamano guerriero apache, avvertito da Raiden, apparso in visione, dell'imminente invasione, protegge la sua gente con un rito sciamanico. Anche lui combatte le squadre di sterminio.
Stryker: comandante delle Riot Control Brigades prima dell'invasione, assiste alla presa di anime da parte di Shang Tsung. Tuttavia egli rimane intatto, essendo uno dei prescelti di Raiden, sebben ancora non abbia capito il suo ruolo nello scontro con Shao Kahn. Abbigliato come uno swat, è un esperto di esplosivi
Sindel: l'antica regina di Edenia e madre di Kitana, poi sposa dell'invasore Shao Kahn morta molto giovane, viene resuscitata, tuttavia la sua mente sembra controllata.
Sheeva: guerriera Shokan, è la guardia del corpo personale di Sindel. Tuttavia comincia a diffidare di Shao Kahn quando questi affida alla razza dei Centauri, da sempre rivali degli Shokan, la guida del suo esercito.
Shang Tsung: il vecchio stregone ancora più potente grazie alle anime terrestri catturate.
Smoke: personaggio nascosto, è il primo dei cyber-ninja. Una volta amico di Sub Zero, non ricorda però nulla e la sua missione è uccidere l'ex ninja del ghiaccio
Motaro: sotto-boss, è il più potente dei Centauri, a capo dell'invasione
Shao Kahn: l'imperatore di Outworld, ora riesce ad invadere la terra.
Ultimate Mortal Kombat 3è una sorta di update del terzo episodio, che segue la stessa storyline ma con l'introduziuone di altri personaggi, nuovi e vecchi molto amati.
Kitana: la principessa ribelle di Edenia torna a combattere contro Kahn, nel tentativo di liberare la madre Sindel dall'incantesimo che l'ha privata della memoria
Jade: amica e protettrice di Kitana, anch'essa torna a combattere le forze di Outworld
Mileena: fatta tornare in vita da Shao Kahn per uccidere Kitana
Ermac: terribile guerriero ninja (rosso) creato con la fusione di migliaia di anime guerriere di Outworld. E' uno dei generali delle Squadre di Sterminio
Reptile: torna ancora la guardia del corpo rettiliana di Shang Tsung
Scorpion: dopo un tentativo fallito da parte di Shai Kahn di avere le anime dall'inferno terrestre, il ninja non morto Scorpion è libero ed è una scheggia impazzita nella guerra tra Terra e Outworld.
Rain: discendente di una nobile stirpe semidivina di Edenia, preso da piccolo e addestrato come guerriero di Shao Kahn, ora è uno degli invasori, ninja dalle vesti viola.
Sub Zero (I): qualcuno ha visto il vecchio ninja morto nel primo MK... come è possibile?
Noon Saibot: il ninja nero della Fratellanza delle Ombre ancora una volta osserva lo scontro tra i due mondi per riportare notizie ai suoi misteriosi capi...
Raiden non compare se non come protettore dei guerrieri, essendo il suo potere limitato dall'invasione

nel finale "ufficiale" i guerrieri di Raiden sconfiggono Kahn e salvano la Terra. Kitana e Jade sconfiggono Sheeva e liberano Sindel dall'incantesimo: la regina ricorda di essere stata costretta a sposare Shao Kahn dopo l'assassinio del sovrano di Edenia Jerrod; dopo aver visto la figlia portata via e addestrata come assassina si suicidò. Ora ricorda e avversa Shao Kahn con tutte le sue forze.
Anche Rain riscopre il suo retaggio e volta le spalle all'Imperatore Shao Kahn.
Noob Saibot si scopre essere il primo Sub Zero riportato in vita come demone da misteriose forze infernali...
Smoke si confronta con Sub Zero, impazzisce e sparisce, verrà fatto prigioniero in una prigione di Outworld. Cyrax viene riprogrammato dalle US Special Force e si unirà ad essi come agente speciale dell'Outer Worlds Investigation Agency dopo aver recuperato l'anima. Sektor rimane l'unico effettivo cyber ninja, sconfigge l'attuale Gran Maestro Lin Kuei e ne diverrà il successore.